A pesquisa na Ufopa objetiva a produção e a difusão de conhecimentos científicos, que contribuam para a melhoria das condições de vida da sociedade, principalmente na região amazônica. Além daquelas decorrentes dos projetos individuais de pesquisadores, outras bolsas de Iniciação Científica podem ser concedidas aos alunos envolvidos com recursos próprios da Ufopa e externos. Entre elas, CNPq e Fapespa, entre outras fontes de financiamento contínuo ou eventual. Bolsas de Monitoria ofertadas pela Pró-Reitoria de Ensino e Graduação da Ufopa também oferecem aos alunos o contato com atividades de Ensino e Pesquisa.